Μπορεί να μην υπήρχε χρονική προτεραιότητα σε αυτό το πρόγραμμα, αλλά με τη μοριοδότηση οι μηχανικοί έψαχναν το βέλτιστο λόγο κόστους οφέλους, ενώ ένα σοβαρό ζήτημα που απασχόλησε ήταν οι τιμές των πρώτων υλών. «Παρατηρούνται σοβαρά προβλήματα κυρίως σε ό,τι έχει να κάνει με τις πληρωμές οι οποίες έχουν καθυστερήσει, υπάρχουν διαμαρτυρίες για τα πολλά δικαιολογητικά που ζητούνται στους ελέγχους. Δεν υπήρχε ένα checklist που να περιορίζει τους ελέγχους μόνο στους απολύτως αναγκαίους», είναι μερικά από τα σχόλια μηχανικών, σε σχέση με την εφαρμογή του προγράμματος.
Ένα σοβαρό ζήτημα όμως που προέκυψε ήταν με τις τιμές των υλικών, καθώς αυτές που ήταν στο πρόγραμμα ήταν τιμές άλλων εποχών, με αποτέλεσμα να έχουν αυξηθεί τα κόστη σε όλες τις κατηγορίες παρεμβάσεων. Έτσι στο τέλος κατέληγαν να είναι ψαλιδισμένες οι επιδοτήσεις και αυτό οδηγούσε τον κόσμο σε δεύτερες σκέψεις για το τι τελικά θα πράξει.
Για πολύ σοβαρά προβλήματα στην εφαρμογή του προγράμματος έκαναν λόγο σε ανακοίνωσή τους οι αρμόδιοι τομεάρχες του ΣΥΡΙΖΑ-Π.Σ. Σωκράτης Φάμελλος, Πέτη Πέρκα τονίζοντας πως το ΥΠΕΝ: «Αποκρύπτει ότι πάγωσε για όλο το 2021 ένα τόσο σημαντικό πρόγραμμα για την ενεργειακή μετάβαση, αλλά και την οικονομία, το οποίο θα έπρεπε να λειτουργήσει εμπροσθοβαρώς στο πλαίσιο του Ταμείου Ανάκαμψης. Αποκρύπτει τους «κόφτες» στη βαθμολόγηση που αποκλείουν από το Πρόγραμμα όσους δεν έχουν ίδια κεφάλαια. Αποκρύπτει ότι δεν έχει λύσεις για τις συνεχείς αυξήσεις στα οικοδομικά υλικά. Αποκρύπτει ότι για το ‘Εξοικονομώ – Αυτονομώ’ του κ. Χατζηδάκη υπάρχει πολύ χαμηλό ποσοστό ολοκλήρωσης και χρηματοδότησης μετά από 1,5 χρόνο, μόλις 15%, παρότι σπαταλήθηκαν 850 εκ. ευρώ μόνο για 36.364 νοικοκυριά».