Ωστόσο, η σύσταση του νέου φορέα βρίσκει αντίθετους τόσο τους εργαζόμενους όσο και αρκετούς επιστημονικούς φορείς. Ειδικότερα, μια σειρά από αλλαγές όπως η αλλαγή της υφιστάμενης νομικής μορφής του φορέα από νομικό πρόσωπο ιδιωτικού δικαίου σε νομικό πρόσωπο δημοσίου δικαίου, ο περιορισμένος αριθμός των οργανικών θέσεων που προβλέπεται στο σχέδιο νόμου, βρίσκουν αντίθετο τόσο το συνδικάτο εργαζομένων όσο και φορείς, όπως το Γεωτεχνικό Επιμελητήριο Ελλάδος και την Ελληνική Γεωλογική Εταιρεία
Από την μια πλευρά, το υπουργείο τον περασμένο Οκτώβριο όταν και δημοσιεύτηκε το σχέδιο νόμου τόνισε πως η νέα αρχή «θα αναλαμβάνει, για λογαριασμό του κράτους, ρυθμιστικό, εποπτικό και ελεγκτικό ρόλο σε ζητήματα γεωλογικών κινδύνων από πλημμύρες, κατολισθήσεις κ.ά., προστασίας του περιβάλλοντος μέσω, π.χ., ελέγχων ποιότητας υπεδάφους και υπόγειων υδάτων και στον έλεγχο των επιτρεπόμενων δραστηριοτήτων στο ενεργειακό υπέδαφος της Ελλάδας».
Παράλληλα, το ΥΠΕΝ σημείωνε πως στο πλαίσιο του εκσυγχρονισμού του θεσμού θα γίνει πιο αποτελεσματική η προστασία της περιουσίας των πολιτών από γεωλογικούς κινδύνους με την Ε.Α.Γ.Μ.Ε. να διασυνδέεται με την τοπική αυτοδιοίκηση. Παράλληλα, στη νέα αρχή θα συσταθεί νέα Διεύθυνση Διαχείρισης Φυσικών και Τεχνολογικών Κινδύνων, με σκοπό την έρευνα και την καταγραφή γεωλογικών κινδύνων σε συνεργασία με τη Γενική Γραμματεία Πολιτικής Προστασίας, το υπουργείο Περιβάλλοντος και Ενέργειας και τις αρμόδιες αρχές.
Από την άλλη πλευρά, το συνδικάτο εργαζομένων σε σχόλια που υπέβαλλε κατά τη διάρκεια της διαβούλευσης του σχεδίου νόμου ανέφερε μεταξύ άλλων πως η νέα αρχή θα είναι αδύνατο να καλύψει τους τομείς της έρευνας που κάλυπτε μέχρι σήμερα το ΙΓΜΕ. Στο πλαίσιο αυτό κρίνει ανεπαρκή τον αριθμό 220 οργανικών θέσεων που προβλέπονται στο σχέδιο νόμου. Επισήμαιναν ακόμα πως «ο αριθμός των οργανικών θέσεων είναι απολύτως ανεπαρκής για να καλυφθούν στοιχειωδώς οι απαιτήσεις των στόχων και αντικειμένων της αρχής. Ο αριθμός οργανικών θέσεων που είχε εκτιμηθεί από πρόσφατες μελέτες τόσο του Οικονομικού Πανεπιστημίου Πειραιά (επικαιροποιημένη μελέτη 2016) όσο και της διοίκησης του ΙΓΜΕ, αλλά και το επιχειρησιακό σχέδιο της σημερινής Διοίκησης του ΙΓΜΕ για το 2018, είναι 520».
Την αντίθεση τους πάντως έχουν εκφράσει, όπως προαναφέρθηκε και μια σειρά από φορείς, με το Γεωτεχνικό Επιμελητήριο Ελλάδας, να τονίζει σε ανακοίνωση του πως η μεταβολή της νομικής μορφής της νέας αρχής γίνεται προς την αντίθεση κατεύθυνση με αυτή που ακολουθείται διεθνώς, ενώ η νέα του μορφή θα έχει ως συνέπεια την αύξηση της γραφειοκρατικής του λειτουργίας. Παράλληλα, σε ψήφισμα του το τμήμα Γεωλογίας του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης τόνιζε πως η σύσταση του νέου φορέα θα έχει ως συνέπεια «την αδυναμία κάλυψης των τομέων έρευνας υποδομής και εφαρμοσμένης έρευνας που κάλυπτε έως σήμερα το ΙΓΜΕ». Οι εργαζόμενοι τονίζουν πως η ψήφιση του νομοσχεδίου θα αποτελέσει casus belli.