Ο Ραφαέλ Γκρόσι, επικεφαλής της Διεθνούς Υπηρεσίας Ατομικής Ενέργειας, απηύθυνε κάλεσμα προς το Ιράν να επιτρέψει τις επιθεωρήσεις στις πυρηνικές εγκαταστάσεις Ισφαχάν, Νατάνζ, και Φορντό που είχαν βομβαρδιστεί από τις κοινές επιχειρήσεις Ισραήλ και ΗΠΑ. Μετά τις επιθέσεις, τόσο ο Πρόεδρος Τραμπ, όσο και υψηλόβαθμα στελέχη στην Ουάσιγκτον είχαν δηλώσει πως οι εγκαταστάσεις αυτές καταστράφηκαν πλήρως, θεωρώντας πως το πλήγμα κατά του ιρανικού πυρηνικού προγράμματος ήταν αρκετά καίριο ώστε να το πάει χρόνια πίσω. Την άποψη αυτή είχαν υιοθετήσει και Ισραηλινοί αξιωματούχοι.
Όμως, οι αναλυτές τονίζουν πως κανείς δεν μπορεί να γνωρίζει πού βρίσκονται τα αποθέματα ουρανίου που είχε συγκεντρώσει η Τεχεράνη πριν τον πόλεμο. Σύμφωνα με εκτιμήσεις, πρόκειται για περισσότερα από 400 κιλά ουρανίου που έχει εμπλουτιστεί σε βαθμό 60%. Οι περισσότερες σύγχρονες πυρηνικές βόμβες απαιτούν εμπλουτισμού που ξεπερνά το 90%. Εφόσον έχει ολοκληρωθεί η διαδικασία επεξεργασίας, τα 400 κιλά μπορούν να οπλίσουν τουλάχιστον 10 πυρηνικές κεφαλές.
Μετά το τέλος των συγκρούσεων και την επανέναρξη των επαφών μεταξύ Ιράν και ΙΑΕΑ, οι αξιωματούχοι της χώρας αρνούνται να επιτρέψουν νέες επιθεωρήσεις με τη δικαιολογία πως οι τοποθεσίες αυτές είναι επικίνδυνες εξαιτίας της χημικής και ραδιενεργής μόλυνσης. Από την πλευρά του, ο Γκρόσι δήλωσε πως τέτοιοι έλεγχοι αποτελούν ρουτίνα για τους επιστήμονες του οργανισμού και τα μέτρα προστασίας που απαιτούνται είναι απλά.
Στην πραγματικότητα, το ρήγμα μεταξύ των δύο οφείλεται στο ψήφισμα της ΙΑΕΑ που είχε ανακοινωθεί μία ημέρα πριν την πρώτη ισραηλινή επίθεση και κατηγορούσε το Ιράν για παραβίαση των υποχρεώσεών του για τη μη διάδοση των πυρηνικών όπλων. Η ένταση μεταξύ Τεχεράνης και ΙΑΕΑ δυσχεραίνει ακόμα περισσότερο τη διαμόρφωση μίας κοινά αποδεκτής λύσης για το πυρηνικό πρόγραμμα του Ιράν, καθώς οι Ιρανοί αξιωματούχοι θεωρούν πως δεν υπάρχει κάποιος αντικειμενικός μεσολαβητής μεταξύ των ίδιων και των δυτικών συμμάχων.